Považuje sa za Felliniho východnej Európy. Normalizačná cenzúra mu zakázala natáčať filmy, smel sa venovať len dokumentárnej tvorbe a k nakrúcaniu filmov sa mohol vrátiť až v 80. rokoch. Je tvorcom medzinárodného významu, ktorý získal viac ako 90 ocenení po celom svete. V roku 2000 bol filmovými novinármi a kritikmi ocenený ako Najlepší slovenský režisér 20. storočia. Jeho dielo Tisícročná včela je považované za jeden z vrcholov slovenskej kinematografie. Zmyslom filmového umenia je podľa neho naplniť diváka úžasom. Jakubisko je nositeľom najvyššieho štátneho vyznamenania SR Pribinovho kríža.